NRRD批量转换成NIFTI

3D slicer, MITK默认会将医学图像保存为格式为NRRD的图像，但是我们还是习惯于操作NIFTI格式的数据，于是就有了NRRD转换成NIFTI的需求。
之前自己有一个比较笨的方法，就是将NRRD图像导入到MITK软件中，然后再另存成NIFTI的数据。如果数据少，还可以接受。但是当数据比较多时，这种方法过于耗时耗力。
为了解决这个问题，网上搜索了一些解决方案，并将两个代码进行了合并，供使用，具体代码如下。代码中baseDir可以修改成指定的目录，files里面*后面的部分，改为自己匹配的文件名。

1 import os 2 fr glob import glob 3 import numpy as np 4 import vtk 5 6 7 def readnrrd(filename): 8 """Read image in nrrd format.""" 9 reader = vtk.vtkNrrdReader() 10 reader.SetFileName(filename) 11 reader.Update() 12 info = reader.GetInformation() 13 return reader.GetOutput(), info 14 15 16 def writenifti(image,filename, info): 17 """Write nifti file.""" 18 writer = vtk.vtkNIFTIImageWriter() 19 writer.SetInputData(image) 20 writer.SetFileName(filename) 21 writer.SetInformation(info) 22 writer.Write() 23 24 25 if __name__ == '__main__': 26 baseDir = os.path.normpath(r'G:/auroranrrd/') 27 files = glob(baseDir+'/*label.nrrd') 28 for file in files: 29 m, info = readnrrd(file) 30 writenifti(m, file.replace('label.nrrd', 'label.nii'), info)

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