OpenSlide使用教程

　　WSI(WholeSlideImage)的病理切片大小为几十M到几G不等，原图像素点可达到上亿，常规的python图像读取方式无法直接处理。因此，openslide的使用，可以还原金字塔构建、生成tiles、指定区域切片提取等。
本文是自己在学习和实验中用过的openslide的常用方法的总结。
官网链接： openslide/api/python/

1、level_count属性
病理图为金字塔结构，level_count属性是获取svs有多少层。在svs中存储了每一层采样的tiles。一般情况下Level0为原图，也就是highest resolution，然后每一级进行下采样，level_count 1为lowest resolution。

1 import openslide as opslide 2 3 #读取svs格式的病理图 4 slide = opslide.open_slide('../WSI/HobI17092737210733.svs') 5 level_count = slide.level_count 6 print('level_count: ', level_count)
level_count: 3

2、level_dimensions
获取宽高

1 level_dim = slide.level_dimensions 2 print('level_dim: ', level_dim) 3 l = len(level_dim) 4 print('l: ',l) 5 wh = np.zeros((l, 2)) 6 for i in range(l): 7 print('level: ', i) 8 wh[i, :] = level_dim[i] 9 print('w: ', wh[i,0], ' ,h: ', wh[i,1])
level_dim: ((25895, 31579), (6473, 7894), (1618, 1973)) l: 3 level: 0 w: 25895.0 ,h: 31579.0 level: 1 w: 6473.0 ,h: 7894.0 level: 2 w: 1618.0 ,h: 1973.0

由此可以看出每次的下采样为4。

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